Pusat Islam Universiti dan Masjid UPM menyediakan kemudahan dan prasarana yang kondusif kepada pelanggan dan pengunjung yang hadir. Ianya dapat memberikan keselesaan kepada para jemaah yang menggunakan khidmat yang disediakan. Antara kemudahan yang terdapat di masjid UPM seperti Bilik VIP, Bilik Tetamu, Bilik Pengurusan Jenazah, Ruang Pembelajaran, Kabinet Berkunci Tempat Penyimpanan Barang dan lain-lain. Manakala kemudahan yang terdapat di Pusat Islam Universiti adalah Kaunter Perkhidmatan Pelanggan, Dewan-dewan Kursus/Bengkel, Bilik Mesyuarat dan lain-lain. Para pelanggan boleh membuat permohonan penggunaan tempat atau pinjaman peralatan dapur .